文安元年（1444年）、空山によって蓮華堂の名で創建された。すぐに廃れてしまったようで、文明3年（1471年）に岡田家が再興して蓮華寺としたという。
再興されたのち、しばらくは十河一存の祈願所に指定されていたが、長宗我部氏によって焼かれたため、再度岡田家が再興した。古瓦にも「岡田丹後守清忠・藤左衛門尉吉忠・庄兵衛尉正次・高島（旧姓・岡田）甚左衛門尉治良」などの名がみえる。
また、所蔵されている鰐口には、阿波国勝浦郡長柱長福寺の蓮真が応永25年（1418年）に奉納したことが記されており、長福寺から移されたものと考えられている。
