陣ノ内城跡は、緑川(みどりかわ)と流域の平野を見下ろす標高約100mの平坦地上に立地する。堀と堀の内側に沿った土塁が明瞭に残り、その規模は発掘調査で確認されたものを含めると、東西210m以上、南北190m以上に及び、北西と南東に虎口(こぐち)をもつ方形の城跡であることが明らかになった。江戸時代中期頃から阿蘇大宮司(あそだいぐうじ)の館跡と伝えられ、中世の輸入陶磁器(ゆにゅうとうじき)なども出土するが、肥後国(ひごのくに)内で突出した規模を持つこと、大規模な堀と土塁で構成される城の構造は、豊臣系大名の城に共通することから、天正16年(1588)に入部した小西行長が、阿蘇氏の拠点が置かれた場所に築城したとする見方が示されている。
