三栖神社の創建の詳細は不明であるが、旧下三栖村の産土神として古くからこの地で信仰を集めていた。天武天皇、伊邪那岐大神、応神天皇を祀る。
現在の社殿、拝殿は慶長8年（1603年）9月に旧幕臣角倉了以、加藤清正公の家臣横地助之烝、三栖の郷士藤林時次の三氏等氏子が戮力協心して造営したものである。
本社の例祭に炬火祭がある。神幸祭の宵には、宇治川に自生する葭で作られた大炬火に火を灯し、神輿巡幸の先導として竹田街道を巡行する。この行事は約千三百年前、壬申の乱において大海人皇子（天武天皇）が近江朝廷との決戦に向かう途中、三栖地域を通過された際に住民がかがり火を灯し、暗夜を照らして歓迎したと言う伝承に因むものである。戦後一時途絶えたが、平成元年より再興され、京都市登録無形民俗文化財に選定されている。
